Huset blev fredet i 1974. I 1971 blev det tildelt en plakette fra Foreningen for Bygnings- og landskabskultur på Sydfyn (By og Land) for smuk istandsættelse.
Sandsynligvis opført mellem 1795 og 1800, hvor huset udgjorde den midterste del af forhuset til et 16 fags forhus til en gammel købmandsgård. I 1846 blev det lange forhus opdelt i 3 enkelte huse. I dag Møllergade 41, 43 og 45. Omkring 1800 var købmandsgården ejet af Mads Graae. Medlemmer af familien Graae ejede flere købmandsgårde i byen, deraf bl.a. også Ebenezer.
Karnaphuset fik sin udprægede fremtoning ved en gennemgribende ombygning i 1853. Siden opdelingen har huset været benyttet af håndværkere og butiksdrivende, hvor man havde butik i den underste etage og beboelse på førstesalen.
Bemærk særligt den smukke dør, der i dag er bemalet og de smårudede jernvinduer i butiksdelen.