Ellerup Skole blev opført 1764 af stamhusbesidder Scheel til Mullerup. Beboerne i Ellerup og Brænderup havde beklaget sig over, at det var for langt for børnene at søge Gudbjerg Skole, især om vinteren, og de havde privat antaget en skoleholder, som de selv lønnede, medens de samtidig måtte betale til Gudbjerg Skole, der var oprettet 1718. Samtidig med den nye skole i Ellerup blev der oprettet et legat til skoleholderen.
Omkring 1764 hed skoleholderen Hans Bron. I 1797 var det en skoleholder ved navn Nisbye, der virkede, og han havde hvervet indtil 1809.
Ved den store brand i 1808 nedbrændte skolen tillige med kroen og flere gårde og huse.
Imidlertid blev der på samme sted snart bygget en ny skole, der var i brug indtil 1923.
Derefter fungerede den som privat beboelse, Mullerup Hovvej 13, indtil den blev nedrevet omkring 2005.
1809-1827
Lærer Søren Rasmussen - søgte - eller fik, sin afsked i 1827 efter en del modgang og besværligheder.
1830-1844
Lærer Chr. Nikolaj Andersen - bestred tilsyneladende embedet til almindelig tilfredshed.
Om skolelærerembedet i Ellerup berettes i 1844 blandt andet:
Skolen har 73 Børn, Distriktet har Hovedgården Mullerup, 30 Gaarde, 37 Huse med Jord og 3 Huse uden Jord. Skolestuen er rummelig og lys, Lærerens Beboelseslejlighed er bekvem, rummelig og anstændig. 
1844-1880
Lærer Hans Thomsen
1880-1913
Lærer Frederik M. Jensen
- dimittend fra Skårup Seminarium 1866.
- inden han blev "kaldet til", enelærer" havde han i 11 år, fra 1866-1877, været hjælpelærer for lærer Thomsen. Fra 1877 til 1880 var han enelærer ved Brændeskov Skole.
- hans kone, Josephine Jensen, var ham en trofast medhjælp. Hun underviste i flere år pigerne i håndgerning, og var desuden en god støtte i sang og musik.
Følgende er et uddrag af lærer Jensens minder fra sin lærergerning:
[i]Foruden min Skolegerning har jeg haft Aftenskole for Ungdommen, og i 10 Aar har Gudbjerg og Ellerup haft Ungdomsskole sammen. Der var skiftevis Undervisning i Gudbjerg og Ellerup Skoler. Som Lærere virkede Lærerne i Gudbjerg og Ellerup Skoler og Præsten. Ved Afslutningen var der en Sammenkomst i Forsamlingshuset, hvor Elevernes Forældre og Søskende var indbudt samt paagældende Elevs Husbond eller Madmor, tillige Sogneraad og Skolekommission. Der blev talt af Præsten, Lærerne, og andre havde Lejlighed til at udtale sig, hvorefter Elevernes Arbejder var fremlagt. Dernæst var der fælles Kaffebord, hvorpaa de unge legede et Par Timer.
Jeg har været med i Biblioteksarbejdet og set Bogsamlingen vokse fra nogle faa Bind til en betydelig Samling, der nu har sit eget Lokale i Kommunehuset.
I mange Aar var jeg Leder af Sangforeningen for blandet Kor, og i en Aarrække har jeg som Revisor været knyttet til Gudbjerg Brugsforening samt været medlem af Menighedsraad og Værgeraad.
Da jeg overtog Embedet her 1913, blev Brændsel til Skolen og eget Brug til Dels leveret in natura. Det varede dog ikke længe, før Brændslet blev erstattet med 
Penge.[/i]
1913-1947
Lærer Carl Edvard Damkiær-Nielsen
- dimittend fra Skårup Seminarium 1901
- virkede også som organist i Gudbjerg Kirke
I 1923 blev den nye skolebygning indviet. Arkitekt var Daniel Rasmussen. Den var blevet flyttet uden for byen for at tilgodese eleverne fra husene ved herregården Mullerup.
Samtidig oprettedes et forskolelærerindeembede. Den første lærerinde blev frk. Anna Marie Pedersen, som gik på pension i 1956 efter 33 år.
Den 9. november 1934 visiterede provst Bruun, Hesselager, Ellerup Skole og havde blandt andet følgende bemærkninger:
"Ellerup Skole søges af Landsbyen Ellerup og dens Markers Befolkning samt børnene fra Herregaarden Mullerup. Det er saaledes mest Smaakaarsfolk, hvis Børn maa deltage i en Del Arbejde. Alligevel har der kun været forholdsvis faa Forsømmelser uden lovlig Grund.
Man fandt ikke i denne Skole i noget Fag nogen særlig fremragende Præstation, men heller intet ringe. Det var lykkedes at faa de fleste Børn jævnt godt med, saa de havde naaet det væsentligste af, hvad Landsbyskolen paa hvert Trin bør føre frem til. Der gøres af begge de tiltalende Lærerkræfter et solidt Arbejde".
Skolen havde på det tidspunkt 71 elever fordelt på fire klasser.
I skoleåret 1. april 1946 - 31. marts 1947 blev der i hele Gudbjerg Kommune forsøgsvis indført hverdagsundervisning i tre klasser. På Ellerup Skole besluttedes det efter forsøgsåret at gå tilbage til fireklasset hverandendagsundervisning. Hverdagsundervisningen blev dog som bekendt efterhånden indført på alle skoler i landet.
1948-1951
Lærer Anton Marius Bruntt
1952-1955
Lærer Carl Ivar Malling Nielsen
1956-1960
Lærer Johannes Fog Brøns
1956-1960
Forskolelærerinde Elly Brøns
Ellerup Skole lukkede i 1960 samtidig med at den nye centralskole i Gudbjerg blev taget i brug (officielt indviet 12. august 1961). De omkring 70 elever og de to lærere (ægteparret Brøns) blev overflyttet til den nye skole.
Skolen i Ellerup blev solgt året efter lukningen, og i de følgende år fungerede den som plejehjem for voksne udviklingshæmmede ("Elleruphus").
Arne Norsk Nielsen
Gudme Lokalhistoriske Arkiv 2007