Byskolen, Skolegade 2, blev taget i brug i januar 1901, men har ”aner” helt tilbage til 1831 under navne som Pigeborgerskolen og Borgerskolen. Svendborgs første Borgerskole lå på Klosterpladsen, og var i brug i tiden 1831 – 1875. Den ny Borgerskole blev etableret i 1875 og lå i Fruestræde, hvor den indeholdt både drenge- og pigeborgerskole. Fra 1901 forblev Drengeborgerskolen på Fruestræde medens pigeborgerskolen flyttede til de nye lokaliteter. Skolen blev betegnet som stor, smuk og solidt lagt i Svendborgs hjerte med udsigt over by og sund.
I de første år af sit virke gik den under navnet Svendborg Pigeborgerskole. I 1912 optræder navnet Byskolen officielt, men den benævnes også Pigeborgerskolen. Navnestriden sluttede først i 1940, hvorefter det officielle navn er Byskolen.
Under 2. verdenskrig måtte der ske forskydninger og indskrænkninger af skoletiden, bl.a. fordi den nederste gymnastiksal blev overtaget af det civile luftværn til sorteringsstation. I 1941 ombyggedes også varmesystemet på grund af manglende elektricitet fra el-værket. Kælderen, der i 1901 blev beskrevet som fyr- og baderum og en stor legeplads, blev nu et centralt sted som fyrrum, baderum for de mindste, skolebespisningslokale og beskyttelsesrum.
Skolen beskrives op gennem tiden som en skole, der var vellidt og hvor børnene trivedes.
I forbindelse med de store ændringer på skoleområdet i Svendborg fra slutningen af 1960érne og 1970érne opstod der stor debat om, hvorvidt skolen skulle renoveres for fortsat at forblive skole, eller om den burde afhændes til f.eks. kulturelle formål. Årsagen var at skolen var utidssvarende indrettet med små lokaler og behov for en væsentlig renovering, men samtidig var den klemt inde mellem bl.a. teatret og fredede gamle huse, som gjorde det umuligt at udbygge den. Skolen blev i den periode også set udefra beskrevet som stor, klodset og kold.
I 1980érne opstod der på skolen et håb om, at Svendborg ikke kunne undvære Byskolen, og vendepunktet kom fra omkring 1990, hvor renoveringen for alvor tog fat. Selv om de nyrenoverede klasselokaler fortsat var små , var der stor glæde over resultatet, såvel som etablering af ”Pyramiden” i skolegården blev betegnet som byens bedste legeplads. Den officielle nyindvielse fandt sted i august 1993. Byskolen havde ved sit 100-års jubilæum i 2001 i alt 415 elever.
I 2002 opstod der en brand på skolen, som var opstået i de elektriske installationer. En nabo til skolen opdagede branden og slog alarm. På trods af en udbrændt tagetage samt massive røg- og vandskader, forløb evakueringen af de forholdsvis få elever der befandt sig på skolen på daværende tidspunkt, helt efter planen og problemfrit. De samlede skader løb op i 2-3 millioner, men dækkedes fuldt ud af skolens forsikring.
I 2011 gennemførte Svendborg Kommune en skolereform. Ved reformen sammenlagdes Byskolen med Østre Skole under navnet Ørkildsskolen. Byskolen var afdeling byen. Samtidig omstruktureredes klasseinddelingen, så Byskolen for fremtiden kun skulle have elever fra 0. til 6. klasse. De ældre elever flyttedes til Nymarkskolen (Hømarkskolen).